魔法禁书目录剧场版恩底弥翁的奇迹

当太空飞船猎户号于三年前坠毁欲学园都市之后，宇宙升降机恩底弥翁建设项目亦启动了。
当恩底弥翁完成在即之时，上调亚麻、茵蒂克丝与拥有“奇迹”歌声的少女鸣护阿丽莎相遇了。
茵蒂克丝与艾丽莎因为谜一般“旺盛的食欲”的羁绊而更加意气相投……
当三个天真少女正在享受放学的愉悦时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动而来袭击……
原因竟是艾丽莎的存在会引发魔法世界与科学世界之间的战争……